粒子物理前沿卓越创新中心实行理事会领导下的中心主任负责制。中心组织管理机构如下图所示：
（一）理事会
中心理事会是中心的最高决策机构，由科学院主管领导、中心主任、依托单位领导、主要共建单位领导组成。原则上每年召开一次理事会议，有重大事项需要理事会决策时将临时召开理事会议。
（二）中心主任
本卓越创新中心的责任人是中心主任。由依托单位推荐，主管部门批准，理事会聘任，任期为5年。中心副主任2名，由3个研究平台主任以两年为周期轮值。
中心主任的职责：全面负责卓越中心建设，组织实施建设方案，负责中心的日常管理。
中心主任：王贻芳
副主任：沈肖雁（中科院高能所，研究员）
高原宁（北京大学，教授）
（三）科学咨询评议委员会
中心的学术咨询机构为科学咨询评议委员会，由具有国际视野、熟悉国内外发展状况、有较深学术造诣的国内外知名专家组成。其职责是对中心发展战略规划、学术方向、人才队伍建设、国际合作等提出建议。
（四）中心管理委员会
在中心主任领导下成立中心管理委员会，由各研究平台学术带头人和主要参加单位代表组成，至少每3个月召开一次会议。管理委员会负责制定中心各项方针政策和管理制度，负责中心各项任务的实施和日常管理，包括科研任务、人员管理、设备调配、经费管理等。制定年度工作计划并推动落实，建立内部管理制度和规范，建设研究团队并进行考核激励，保证卓越创新中心建设目标的实现。
