粒子天体物理重点实验室是一个相对独立的科研实体，其管理挂靠在中国科学院高能物理研究所，可以妥善处理财务和人事等方面的问题，为实验室的运行提供了后勤、运行等方面的重要保障。

实验室结构框架：

实验室采用主任负责制，并配有精干的技术管理岗位。下设若干研究团组或独立的研究岗位，团组划分应与当前的课题设置的情况相匹配。在研究课题需要时，由主任按照一定程序与学术委员会和有关部门协商调整。各研究团组设研究员岗位1-2名及相关科研岗位若干名，采用公开招聘、竞争上岗的方式择优选择。

运行与管理机制：

推行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制；

学术委员会负责把握实验室学科发展方向；

实行全员岗位责任制，按需设岗、岗位定责、公开招聘、竞争上岗；

建立年度考核与绩效挂钩的激励机制；

建立研究人员和技术人员的考核标准；

通过客座研究课题申请指南，接收客座研究申请，根据研究工作的实际需要，帮助其它单位建立相应的研究条件，提供人员培训和技术支持，扩大对外开放与学术交流；

通过接收客座研究人员和客座研究课题等方式，接收客座研究访问人员，实验室提供工作条件，客座人员定期向实验室提供进展报告，结题时提供完整的研究情况报告。