高能所于1978年首批恢复研究生招生，是1981年国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予权单位之一，1996年物理学被首批批准按一级学科授予学位。1978年至2020年底，高能所共培养博士研究生1363名，硕士研究生690名。目前，在学研究生700人，其中博士研究生410人，硕士研究生290人。高能所现有导师636人，其中博导202人，硕导434人。 

　　1982年高能所培养出我国历史上第一位理学博士马中骐。他1993年被国务院学位委员会评为博士生导师，被国家教委和国务院学位委员会评为“做出突出贡献的中国博士学位获得者”，曾任高能所四室研究员，所学术委员会委员和所学位委员会主任。我所培养的研究生中,获全国百篇优秀博士学位论文有3人，获中国科学院优秀博士学位论文的博士研究生14人。 

　　1981 年11月3日，高能所理论物理、粒子物理与原子核物理博士、硕士培养点获得国务院批准设立。高能所现有理论物理、粒子物理与原子核物理等6个理学博士（硕士）培养点，核技术及应用等2个工学博士（硕士）培养点，电子信息与机械2个全日制工程硕士培养点。  

　　建所时教育管理的工作内容主要是职工的继续教育和培训，恢复招生后陆续开始了招生、培养等各环节的工作。教育处目前的主要职责是贯彻执行国家、中科院有关教育工作的政策和规定，起草本所研究生工作的规章制度并组织实施。根据所学位评定委员会的要求，组织研究生培养点的增列和评估工作；组织遴选研究生导师和导师培训；负责研究生（含外籍）招生、学籍、培养、学位、毕业就业、奖评、社会实践、联合培养本科生、档案等管理工作；协助核科学与技术学院、近代物理系做好研究生（含本科生）的课程建设和教学管理工作。