核探测与核电子学国家重点实验室属于所/校、中心/学院两级管理，分为高能所部与科大部，高能所部由高能物理研究所实验物理中心负责，下设固体探测器、气体探测器、电子学、数据获取、触发判选、探测器控制等专业实验室。科大部由中国科学技术大学物理学院负责，下设核与粒子探测、核电子学、核探测与核电子学在其它领域的应用等专业实验室。实验室的科研人员根据不同的研究方向，纳入到实验室的不同的研究团队，共同促进研究方向的发展。如图1所示。

核探测与核电子学国家重点实验室实行管理委员会领导下的室务委员会两级管理模式。

管理委员会由各自单位的主管领导、科研管理部门负责人、基层部门负责人，及国内外核探测技术与核电子学领域的资深专家、学者组成，任期五年。管理委员会总体监督科研项目的组织、实施，审核经费的使用，促进并协调学科的技术转移。（附：重点实验室管理委员会名单）

室务委员会由管理委员会负责组建并任命，成员包括正、副室主任及双方单位各自选派的三名委员，任期五年。室务委员会全面负责重点实验室的建设、管理，保证重点实验室各项科研任务的有效、顺利开展。（附：重点实验室室务委员会名单）

室主任和副主任分别负责主持重点实验室双方的日常工作。

重点实验室设立学术委员会，成员由同领域的资深专家、学者组成，双方单位的专家不超过总人数的三分之一。学术委员会委员由重点实验室正式聘任，学术委员会会议每年至少召开一次，正、副主任由室务委员会推荐，经学术委员会会议选举产生。学术委员会负责审议重点实验室的研究方向，审定研究课题，协调开放事宜，对科技成果进行咨询评估，对重大项目进行可行性论证。（附：重点实验室学术委员会名单）