重点实验室实行开放、流动、联合、竞争的运行机制，积极面向国内外开放，开展多种形式的国内外交流与合作。

在运行机制上，重点实验室做了以下具体规定：

重点实验室实行室主任负责制，室主任负责召集室务委员会全体会议，建议召开管理委员会或学术委员会会议，组织重点实验室重大事项的讨论、审议及形成决议。室副主任协助室主任开展工作。

重点实验室申请承担的各项科研、开发项目，由双方相互支持，整合资源，统筹安排，以保证课题项目的顺利完成，技术成果的有效产出。

重点实验室申请承担的科研、开发项目所涉之资金及设备，由室务委员会协商后根据各自承担的任务合理分配、使用，其管理则委托双方单位的业务主管部门、财务部门负责。

重点实验室之共同项目研发过程中形成的知识产权归双方单位共有，如发生价值效益则根据具体情况另行商议决定。

重点实验室共同研发项目中基于技术成果的文章发表，由双方的课题参与人员协商确定。

重点实验室根据学科发展的需要，不定期相互推荐、聘请兼职教授或兼职研究员及兼职博士生导师。

重点实验室积极开展多种形式的学术交流，活跃学术氛围，互派专家、学者到对方讲学，共同举办高水平的学术会议、研讨班等。

重点实验室坚持“理论与实践相结合”的教书育人传统，为本科生提供实习基地，为研究生的联合培养创造研究实习的有利条件。

为了加强规范化、制度化管理，确保各项工作的高效、顺利运行，重点实验室在建立之初就制定了《核探测与核电子学国家重点实验室章程》，并逐渐建立健全了一系列重点实验室运行机制和规章制度。