2016年度国家科学技术奖励大会1月9日上午在北京举行。在揭晓的各奖项获奖结果中，中科院共获2016年度国家科学技术奖励26项（人）。
其中，中科院物理研究所研究员、中科院院士赵忠贤获国家最高科学技术奖；中科院作为第一完成人或完成单位，获自然科学奖一等奖1项、自然科学奖二等奖12项；技术发明奖一等奖1项、技术发明奖二等奖3项；科技进步奖一等奖1项、科技进步奖二等奖5项。
中科院高能物理研究所研究员、中科院院士王贻芳牵头完成的“大亚湾反应堆中微子实验发现的中微子振荡新模式”获国家自然科学奖一等奖，光电技术研究所牵头完成的项目获技术发明奖一等奖（专用项目），高能所牵头完成的“北京正负电子对撞机重大改造工程”获科学技术进步奖一等奖。
除专用项目外，“重离子碰撞中的反物质探测与夸克物质的强子谱学与集体性质研究”“磁电演生新材料及高压调控的量子序”“高效不对称碳—碳键构筑若干新方法的研究”“生物分子界面作用过程的机制、调控及生物分析应用研究”“氧基簇合物的设计合成与组装策略”“有机场效应晶体管基本物理化学问题的研究”“亚洲季风变迁与全球气候的联系”“猪日粮功能性氨基酸代谢与生理功能调控机制研究”“氧化物阻变存储器机理与性能调控”“复杂动态网络的同步、控制与识别理论与方法”“纳米结构单元的宏量制备与宏观尺度组装体的功能化研究”“新型核能系统的中子输运理论与高效利用方法”等项目获自然科学奖二等奖。
“强韧与润滑一体化碳基薄膜关键技术与工程应用”“复现高超声速飞行条件激波风洞实验技术”等项目获国家技术发明奖二等奖；“阿维菌素的微生物高效合成及其生物制造”“三江源区草地生态恢复及可持续管理技术创新和应用”“国际化导向的中药整体质量标准体系创建与应用”“国产陆地卫星定量遥感关键技术及应用”等项目获国家科学技术进步奖二等奖。
此外，由中科院推荐的德国比勒菲尔德大学教授凯瑟琳娜·科瑟-赫英郝斯和美国威斯康星大学教授约翰·库茨巴赫获国际科技技术合作奖。
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