中国科学技术信息研究所于2014年9月发布了2013年度科技论文统计结果。国际部分的统计采用国际上颇具影响的文献数据库《科学引文索引》（SCI）、《工程索引》（Ei）、《科学技术会议录索引》（CPCI-S，原ISTP）、《医学索引》（MEDLINE）和《社会科学引文索引》（SSCI），国内部分的统计采用中国科学技术信息研究所1987年建立的《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）。
根据统计数据，高能所2013年度科技论文统计结果如下：
据《科学引文索引扩展版》（SCIE）数据统计：高能所2013年发表SCI论文265篇，在全国研究机构中列第23位；其中表现不俗的论文数为88篇，占论文总数的33.21%，居全国研究机构第33位（2012年发表SCI论文269篇，在全国研究机构中列第20位；其中表现不俗的论文数为76篇，占论文总数的28.25%，居全国研究机构第26位）。2004-2013年SCI收录论文累积被引用1771篇、25591次，居全国研究机构第15位（2003-2012年SCI收录论文累计被引用2154篇、20688次，居全国研究机构第15位），与上一统计年持平。2013年度，SCI收录中国天文领域科技论文数量机构排名中，高能所荣获第6位（2012年荣获第4位）。2013年度，高能所有2篇论文入选百篇最具影响国际学术论文（2012年2篇入选）。
据《工程索引》（Ei）数据统计：2013年收录高能所论文148篇，居全国研究机构第31位(2012年132篇，居全国研究机构第25位)。
据《科学技术会议录索引》（CPCI-S）数据统计： 2013年收录高能所论文25篇，居全国研究机构第41位（2012年收录论文27篇，居全国研究机构第35位）。
据《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）数据统计： 2013年收录高能所国内论文共125篇，居全国研究机构第68名，论文被引用179篇273次（2012年收录论文109篇，被引用306次）。
根据SCI数据统计，2013年收录的中国论文中，国际合作产生的论文为56076篇，比2012年增加了9330篇。我国作者为第一作者的国际合著论文共37082篇。作者数大于1000、合作机构数大于150个的论文共有167篇，作者数量超过100人且合作机构数量大于30个的论文共计427篇，其中中国牵头的共27篇。
根据SCI数据统计，2004-2013年收录的国际论文截至2013年6月累计被引用篇数最多的20个研究机构名单中，有18个为中科院下属研究所。与第1名化学所（被引用5797篇、146289次）、第2名长春应化所（被引用5384篇、118303次）相比，高能所（第18名，被引用1771篇、25591次）还有一定差距。
根据SCI数据统计，2013年我国机构作者为第一作者的论文共20.41万篇，比2012年增加23.9%。其中69064篇论文的被引用次数高于学科均线，即其论文发表后的影响超过其所在学科的一般水平，也就是说占我国论文总数33.8%的论文表现不俗，该比例较2012年的26.4%上升了7.4个百分点，较2011年的29.8%上升了4个百分点。
根据SCI数据统计，2013年世界科技论文总数为170.97万篇，比2012年增加了7.1%。2013年收录中国科技论文为23.14万篇，连续五年排在世界第2位，占世界份额的13.5%，所占份额提升了1.4个百分点。2004年至2014（截至2014年9月）我国科技人员共发表国际论文136.98万篇，继续排在世界第2位，比2013年统计时增加了19.8%；论文共被引用1037.01万次，排在世界第4位，比上一年度统计时提升了1位。我国平均每篇论文被引用7.57次，比上年度统计时的6.92次提高了9.4%，与世界平均值11.05次还有不小的差距，但提升速度相对较快。
表征高能所科技实力的重要指标包括大科学工程的建设、运行和对外开放，对国际科技前沿项目的参与，对国家战略性需求项目的支撑，科技成果转化等等，论文发表情况也是其中一个重要的指标。高能所要积极面对国际科前沿和国家战略需求，扎实工作，取得具有重要意义的创新性成果。
高能所1993－2013年科技论文统计（数据来自中国科技信息研究所）
|
年度 |
SCI(篇) |
位次 |
SCI被引(篇) |
位次 |
EI(篇) |
位次 |
国际会议(篇) |
位次 |
国 内(篇) |
位次 |
|
1993 |
57 |
8 |
51 |
11 |
- |
- |
28 |
6 |
105 |
20 |
|
1994 |
62 |
7 |
53 |
10 |
- |
- |
23 |
4 |
111 |
17 |
|
1995 |
64 |
7 |
66 |
9 |
- |
- |
36 |
7 |
108 |
21 |
|
1996 |
70 |
6 |
62 |
11 |
- |
- |
28 |
1 |
130 |
19 |
|
1997 |
85 |
7 |
89 |
9 |
- |
- |
11 |
23 |
118 |
21 |
|
1998 |
108 |
5 |
109 |
8 |
- |
- |
34 |
4 |
143 |
16 |
|
1999 |
143 |
8 |
168 |
9 |
- |
- |
46 |
3 |
123 |
30 |
|
2000 |
133 |
10 |
122 |
9 |
- |
- |
24 |
10 |
123 |
36 |
|
2001 |
167 |
10 |
149 |
10 |
- |
- |
27 |
12 |
146 |
29 |
|
2002 |
172 |
11 |
185 |
8 |
45 |
16 |
30 |
16 |
151 |
27 |
|
2003 |
203 |
10 |
197 |
12 |
22 |
47 |
24 |
23 |
162 |
24 |
|
2004 |
213 |
13 |
138 |
19 |
20 |
57 |
22 |
22 |
194 |
23 |
|
2005 |
272 |
11 |
370 |
9 |
41 |
51 |
50 |
15 |
176 |
30 |
|
2006 |
292 |
8 |
295 |
15 |
70 |
35 |
56 |
12 |
165 |
36 |
|
2007 |
215 |
15 |
345 |
15 |
55 |
- |
55 |
14 |
176 |
- |
|
2008 |
249 |
13 |
409 |
15 |
59 |
44 |
54 |
25 |
165 |
43 |
|
2009 |
203 |
18 |
226 |
14 |
51 |
54 |
37 |
15 |
132 |
82 |
|
2010 |
244 |
23 |
372 |
17 |
76 |
49 |
71 |
18 |
159 |
56 |
|
2011 |
227 |
22 |
431 |
18 |
81 |
44 |
29 |
25 |
82 |
137 |
|
2012 |
269 |
20 |
383 |
26 |
132 |
25 |
27 |
35 |
109 |
80 |
|
2013 |
265 |
23 |
1771* |
15 |
148 |
31 |
25 |
41 |
125 |
68 |
*2013年SCI被引篇数统计区间为2004-2013年，即为前10年数据。此前统计区间为被统计年之前（含被统计年）5年的数据。
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