2016年度，在中科院科学传播局组织的科学普及（简称“科普”）工作绩效评比中，高能所以年度总分570分名列中科院C类单位第一名，且四个季度均第一。C类单位是指除院机关、分院、植物园、天文台、有博馆的研究院所、大学、计算机网络信息中心以外的研究院所、企业。
科普绩效统计系统分为科普活动、社会影响、能力建设、科普产品四类，每类包含若干子类。
在科普活动方面，高能所通过全国科技活动周、“十二五”科技创新成就展巡展、中科院科技创新年度巡展、中国（东莞）国际科技合作周等重大科技活动，展示了中国散裂中子源、大亚湾中微子实验发现中微子振荡新模式、北京正负电子对撞机重大改造工程(BEPCII)/北京谱仪（BESIII）发现四夸克物质等重要进展和成果。通过接待社会各界公众、学生夏/冬令营实地参观博展馆、北京正负电子对撞机、大亚湾中微子实验、中国散裂中子源等，实现公众与重大科技基础设施的零距离接触，激励年轻学子学习科学、热爱科学。
在社会影响方面，通过中央电视台、英国广播公司(BBC)等电视媒体，新华社、人民日报、中国科学报等报纸，院内外微博、微信等媒体，以及明智科普网、科学大院、中国科普博览等中科院官方媒体，广泛宣传前沿科学、传播科学精神，树立了优良的公众形象。
在能力建设方面，高能所拥有全国科普教育基地、北京市科普教育基地称号，建有科普场馆博展馆，在网站上设有科普栏目，运营官方微博和微信“中科院高能所”。科普管理体系健全，人员服务于科普的积极性高，每年参与各类科普工作的志愿人员达200多人。
在科普产品方面，出版科普图书《探索微世界：北京正负电子对撞机》、《探索宇宙“隐形人”：大亚湾反应堆中微子实验》，主办中高级科普期刊《现代物理知识》、科普电子出版物《科学研究动态快报》，并制作了系列科普视频、微视频和实物展品。
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