中国科学技术信息研究所11月26日发布了2009年度统计结果。国际部分的统计采用国际权威数据库《科学引文索引》（SCI）、《工程索引》（EI）、《科学技术会议录索引》（ISTP）、《医学索引》（MEDLINE）和《社会科学引文索引》（SSCI），国内部分的统计采用中国科学技术信息研究所1987年建立的《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）。
根据统计数据，高能所2009年度科技论文统计结果如下：
据《科学引文索引扩展版》（SCIE）数据统计：高能所2009年SCI收录论文被引用226篇，1186次，居全国研究机构第14位（2008年被引用409篇，1821次，居全国研究机构第15位），上升了1位。2000-2009年SCI收录论文累积被引用1092篇，10639次，居全国研究机构第16位（1999-2008年SCI收录论文累积被引用1195篇，10685次，居全国研究机构第16位），与上一统计年持平。高能所2009年发表SCI论文203篇，其中表现不俗的论文数为59篇，占总论文数的29.06%，高于全国平均水平，居全国研究机构第11位（2008年发表SCI论文249篇，其中表现不俗的论文数为43篇，占总论文数的17.3%，居全国研究机构第9位）。
据《科学技术会议录索引》（ISTP）数据统计：高能所2009年收录论文37篇，居全国研究机构第15位（2008年54篇，居全国研究机构第25位），上升了10位。
据《工程索引》（EI）数据统计：高能所2009年收录论文51篇(2008年59篇)。
据《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）数据统计：高能所2009年国内收录论文共132篇（2008年165篇），论文被引用252次。
经综合评定，2009年高能所有两篇论文入选“2009年中国百篇最具影响国际学术论文”。分别是：多学科中心赵宇亮研究员带领的纳米生物效应课题组完成的题为“Potential neurological lesion after nasal instillation of TiO2 nanoparticles in the anatase and rutile crystal phases”（Toxicology Letters, 2008，183(1-3):p72-80）的论文；理论物理室张新民研究员的博士研究生蔡一夫（现在美国Arizona State University做博士后）发表的题为“Inflation with multiple sound speeds: A model of multiple DBI type actions and non-Gaussianities”（Physics Letters B, 2009,677(5):p226-234）的论文。
2009年，中国科学技术信息研究所取消了发表SCI论文数量的研究机构排名，而主要以SCI论文被引用篇数为指标进行了排序，更重视论文的质量而不是数量。2009年SCI收录论文被引用篇数最多的20个研究机构名单中，全部为中科院下属研究所，与第一名化学所（被引用1002篇，5691次）、第二名物理所（被引用798篇，2649次）相比，高能所（第15名，被引用226篇，1186次）还有一定差距。
2009年，我国机构作者为第一作者的国际论文共10.88万篇，其中1.68万篇论文的被引用次数高于学科均线，即其论文发表后的影响超过其所在学科的一般水平，也就是说占我国论文总数的15.5%的论文表现不俗，该比例较2008年的11.5%上升了4个百分点。
SCI数据库2009年世界科技论文总数为144.23万篇，比2008年增长了0.3%。2009年收录中国科技论文为12.75万篇，占世界份额的8.8%，排在世界第2位，与2008年持平。
以SCI数据库统计，2000年至2010年（截至2010年11月1日）我国科技人员共发表论文72万篇，排在世界第4位，比2009年统计时上升了一位；论文共被引用423万次，排在世界第8位，也比上一年度统计时提升了1位。平均每篇论文被引用5.9次，比上年度统计时的5.2次有所提高，与世界平均值10.06还有差距。
表征高能所科技实力的重要指标包括大科学工程的建设、运行和对外开放，对国际科技前沿项目的参与，对国家战略性需求项目的支撑，科技成果转化等等，论文发表情况也是其中一个重要的指标。高能所要积极面对国际科前沿和国家战略需求，扎实工作，取得具有重要意义的创新性成果。
高能所1993－2009年科技论文统计（数据来自中国科技信息研究所）
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