中国科学技术信息研究所于2012年12月发布了2011年度科技论文统计结果。国际部分的统计采用国际权威数据库《科学引文索引》（SCI）、《工程索引》（EI）、《科学技术会议录索引》（CPCI-S，继承ISTP）、《医学索引》（MEDLINE）和《社会科学引文索引》（SSCI），国内部分的统计采用中国科学技术信息研究所1987年建立的《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）。
根据统计数据，高能所2011年度科技论文统计结果如下：
据《科学引文索引扩展版》（SCIE）数据统计：高能所2006-2010年由SCI收录的论文在2011年被引用431篇，1545次，居全国研究机构第18位（2005-2009年由SCI收录的论文在2010年被引用372篇，1282次，居全国研究机构第17位），下降了1位。2002-2011年SCI收录论文累积被引用1519篇，19772次，居全国研究机构第16位（2001-2010年SCI收录论文累积被引用1405篇，15497次，居全国研究机构第16位），与上一统计年持平。高能所2011年发表SCI论文227篇，在全国研究机构中列第22位；其中表现不俗的论文数为58篇，占总论文数的25.55%，高于全国平均水平，居全国研究机构第29位（2010年发表SCI论文244篇，其中表现不俗的论文数为43篇，占总论文数的20.28%，居全国研究机构第24位）。2011年度，SCI收录中国天文领域科技论文数量机构排名中，高能所荣获第4位，比2010年上升2位。
据《科学技术会议录索引》（CPCI-S）数据统计：高能所2011年收录论文29篇，居全国研究机构第25位（2010年收录论文71篇，居全国研究机构第18位）。
据《工程索引》（EI）数据统计：高能所2011年收录论文81篇，居全国研究机构第44位(2010年76篇，居全国研究机构第49位)，上升了5位。
据《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）数据统计：高能所2011年国内收录论文共82篇，论文被引用297次（2010年159篇，论文被引用370次）。
根据SCI数据统计，2011年收录的中国论文中，国际合作产生的论文为40297篇，我国作者为第一作者的国际合著论文共22847篇。作者数大于3000、合作机构数大于150个的论文共有50篇，作者数量超过100人且合作机构数量大于30个的论文共计262篇。在这262篇论文中，第一作者单位为中国的论文，即以我国为主进行的合作研究产出的论文共计12篇，全是由高能所牵头的涉及高能物理领域的研究产出。
2011年，SCI收录的发表于2006-2010年的论文被引用篇数最多的20个研究机构名单中，有19个为中科院下属研究所，与第1名化学所（被引用2076篇，12192次）、第2名长春应用化学所（被引用1693篇，9179次）相比，高能所（第18名，被引用431篇，1545次）还有一定差距。
以SCI统计，2011年我国机构作者为第一作者的论文共14.36万篇，其中42927篇论文的被引用次数高于学科均线，即其论文发表后的影响超过其所在学科的一般水平，也就是说占我国论文总数29.8%的论文表现不俗，该比例较2010年的19.7%上升了10.1个百分点，较2009年的15.5%上升了14.3个百分点。
以SCI数据库统计，2011年世界科技论文总数为151.61万篇，比2010年增加了6.7%。2011年收录中国科技论文为16.81万篇，占世界份额的11.1%，排在世界第2位，位次与2010年持平，所占份额提升了1个百分点。2002年至2012年（截至2012年11月1日）我国科技人员共发表论文102.26万篇，排在世界第2位，比2011年统计时增加了22.3%，位次保持不变；论文共被引用665.34万次，排在世界第6位，比上一年度统计时提升了1位。我国平均每篇论文被引用6.51次，比上年度统计时的6.21次提高了4.8%，与世界平均值10.60次还有不小的差距，但提升速度相对较快。
表征高能所科技实力的重要指标包括大科学工程的建设、运行和对外开放，对国际科技前沿项目的参与，对国家战略性需求项目的支撑，科技成果转化等等，论文发表情况也是其中一个重要的指标。高能所要积极面对国际科前沿和国家战略需求，扎实工作，取得具有重要意义的创新性成果。
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