中国科学技术信息研究所于2014年9月发布了2013年度科技论文统计结果。国际部分的统计采用国际上颇具影响的文献数据库《科学引文索引》（SCI）、《工程索引》（Ei）、《科学技术会议录索引》（CPCI-S，原ISTP）、《医学索引》（MEDLINE）和《社会科学引文索引》（SSCI），国内部分的统计采用中国科学技术信息研究所1987年建立的《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）。
根据统计数据，高能所2013年度科技论文统计结果如下：
据《科学引文索引扩展版》（SCIE）数据统计：高能所2013年发表SCI论文265篇，在全国研究机构中列第23位；其中表现不俗的论文数为88篇，占论文总数的33.21%，居全国研究机构第33位（2012年发表SCI论文269篇，在全国研究机构中列第20位；其中表现不俗的论文数为76篇，占论文总数的28.25%，居全国研究机构第26位）。2004-2013年SCI收录论文累积被引用1771篇、25591次，居全国研究机构第15位（2003-2012年SCI收录论文累计被引用2154篇、20688次，居全国研究机构第15位），与上一统计年持平。2013年度，SCI收录中国天文领域科技论文数量机构排名中，高能所荣获第6位（2012年荣获第4位）。2013年度，高能所有2篇论文入选百篇最具影响国际学术论文（2012年2篇入选）。
据《工程索引》（Ei）数据统计：2013年收录高能所论文148篇，居全国研究机构第31位(2012年132篇，居全国研究机构第25位)。
据《科学技术会议录索引》（CPCI-S）数据统计： 2013年收录高能所论文25篇，居全国研究机构第41位（2012年收录论文27篇，居全国研究机构第35位）。
据《中国科技论文与引文数据库》（CSTPCD）数据统计： 2013年收录高能所国内论文共125篇，居全国研究机构第68名，论文被引用179篇273次（2012年收录论文109篇，被引用306次）。
根据SCI数据统计，2013年收录的中国论文中，国际合作产生的论文为56076篇，比2012年增加了9330篇。我国作者为第一作者的国际合著论文共37082篇。作者数大于1000、合作机构数大于150个的论文共有167篇，作者数量超过100人且合作机构数量大于30个的论文共计427篇，其中中国牵头的共27篇。
根据SCI数据统计，2004-2013年收录的国际论文截至2013年6月累计被引用篇数最多的20个研究机构名单中，有18个为中科院下属研究所。与第1名化学所（被引用5797篇、146289次）、第2名长春应化所（被引用5384篇、118303次）相比，高能所（第18名，被引用1771篇、25591次）还有一定差距。
根据SCI数据统计，2013年我国机构作者为第一作者的论文共20.41万篇，比2012年增加23.9%。其中69064篇论文的被引用次数高于学科均线，即其论文发表后的影响超过其所在学科的一般水平，也就是说占我国论文总数33.8%的论文表现不俗，该比例较2012年的26.4%上升了7.4个百分点，较2011年的29.8%上升了4个百分点。
根据SCI数据统计，2013年世界科技论文总数为170.97万篇，比2012年增加了7.1%。2013年收录中国科技论文为23.14万篇，连续五年排在世界第2位，占世界份额的13.5%，所占份额提升了1.4个百分点。2004年至2014（截至2014年9月）我国科技人员共发表国际论文136.98万篇，继续排在世界第2位，比2013年统计时增加了19.8%；论文共被引用1037.01万次，排在世界第4位，比上一年度统计时提升了1位。我国平均每篇论文被引用7.57次，比上年度统计时的6.92次提高了9.4%，与世界平均值11.05次还有不小的差距，但提升速度相对较快。
表征高能所科技实力的重要指标包括大科学工程的建设、运行和对外开放，对国际科技前沿项目的参与，对国家战略性需求项目的支撑，科技成果转化等等，论文发表情况也是其中一个重要的指标。高能所要积极面对国际科前沿和国家战略需求，扎实工作，取得具有重要意义的创新性成果。
高能所1993－2013年科技论文统计（数据来自中国科技信息研究所）
| 年度 | SCI(篇) | 位次 | SCI被引(篇) | 位次 | EI(篇) | 位次 | 国际会议(篇) | 位次 | 国 内(篇) | 位次 |
| 1993 | 57 | 8 | 51 | 11 | - | - | 28 | 6 | 105 | 20 |
| 1994 | 62 | 7 | 53 | 10 | - | - | 23 | 4 | 111 | 17 |
| 1995 | 64 | 7 | 66 | 9 | - | - | 36 | 7 | 108 | 21 |
| 1996 | 70 | 6 | 62 | 11 | - | - | 28 | 1 | 130 | 19 |
| 1997 | 85 | 7 | 89 | 9 | - | - | 11 | 23 | 118 | 21 |
| 1998 | 108 | 5 | 109 | 8 | - | - | 34 | 4 | 143 | 16 |
| 1999 | 143 | 8 | 168 | 9 | - | - | 46 | 3 | 123 | 30 |
| 2000 | 133 | 10 | 122 | 9 | - | - | 24 | 10 | 123 | 36 |
| 2001 | 167 | 10 | 149 | 10 | - | - | 27 | 12 | 146 | 29 |
| 2002 | 172 | 11 | 185 | 8 | 45 | 16 | 30 | 16 | 151 | 27 |
| 2003 | 203 | 10 | 197 | 12 | 22 | 47 | 24 | 23 | 162 | 24 |
| 2004 | 213 | 13 | 138 | 19 | 20 | 57 | 22 | 22 | 194 | 23 |
| 2005 | 272 | 11 | 370 | 9 | 41 | 51 | 50 | 15 | 176 | 30 |
| 2006 | 292 | 8 | 295 | 15 | 70 | 35 | 56 | 12 | 165 | 36 |
| 2007 | 215 | 15 | 345 | 15 | 55 | - | 55 | 14 | 176 | - |
| 2008 | 249 | 13 | 409 | 15 | 59 | 44 | 54 | 25 | 165 | 43 |
| 2009 | 203 | 18 | 226 | 14 | 51 | 54 | 37 | 15 | 132 | 82 |
| 2010 | 244 | 23 | 372 | 17 | 76 | 49 | 71 | 18 | 159 | 56 |
| 2011 | 227 | 22 | 431 | 18 | 81 | 44 | 29 | 25 | 82 | 137 |
| 2012 | 269 | 20 | 383 | 26 | 132 | 25 | 27 | 35 | 109 | 80 |
| 2013 | 265 | 23 | 1771* | 15 | 148 | 31 | 25 | 41 | 125 | 68 |
*2013年SCI被引篇数统计区间为2004-2013年，即为前10年数据。此前统计区间为被统计年之前（含被统计年）5年的数据。
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